HUPID je u potpunosti projektno orijentirana organizacija. Projektni menadžeri imaju krajnji autoritet o svom projektu, zaduženi su za sve odluke koje se odnose na projekt i potrebne resurse, a odgovaraju direktno predsjedništvu Udruge. Uloga je predsjedništva koordinacija projekata na način kako bi se uskladilo djelovanje Udruge u skladu sa njenom misijom i vizijom.
